Desde que Fidel Castro asumió el poder en Cuba en 1959 comenzó una persecución en contra de comunidades e instituciones que consideraba enemigas del régimen revolucionario, algunas de ellas la comunidad LGBT y la iglesia católica.
Castro comenzó una persecución en contra de la iglesia católica, al nacionalizar las escuelas católicas y silenciar sus publicaciones, los humos se pusieron álgidos cuando expulsó de manera definitiva en 1961 a 130 sacerdotes de Cuba, enviándolos en un barco directo a España.
En diciembre de 1969 se prohibieron las festividades navideñas con motivo de efectuar la "Zafra de los 10 Millones", en el que se pretendía producir 10 millones toneladas de azúcar.
30 años después, la relación entre Cuba y el Vaticano se tranquilizó, debido a que Rusia había dejado de ser el respaldo financiero de Cuba, ante esto Castro eliminó algunas restricciones a la iglesia, como el permitir que a las filas del Partido Comunista se unieran católicos, también comenzó a considerar al Vaticano como un socio diplomático.
1
En 1998 el Papa Juan Pablo II visitó Cuba, para llevar a cabo la reinstauración de la Navidad como feriado nacional y el levantamiento de algunas restricciones para la iglesia. En ese mismo viaje Juan Pablo II mencionó: "Dejen que Cuba se abra al mundo y el mundo se abra a Cuba".
En septiembre del 2015 el Papa Francisco visitó Cuba y fue recibido por el presidente Raúl Castro, quien posteriormente le agradeció al Papa por su mediación en el acercamiento entre La Habana y Washington.
Persecución a la homosexualidad
A muchas personas declaradas homosexuales se les acusó de contrarrevolucionarios y se les envió a campos de trabajo militar y agrícola, en las escuelas si se notaba en los niños conductas que no eran correspondientes con su sexo, se les enviaba con el psicólogo o se les prohibía jugar con niñas y niños
Hace 4 años comenzó a celebrarse el 17 de mayo la Jornada Cubana por el Día Mundial Contra la Homofobia, movimiento encabezado por Mariela Castro,hija de Raúl Castro y sobrina de Fidel Castro, quien siendo dipuatada de la Asamblea y presidenta del Centro Nacional de Salud Sexual (Cenesex) ha impulsado iniciativas para reconocer los derechos de las personas LGBT.
Al paso de los años las restricciones en contra de esta comunidad ha ido disminuyendo, desde 2008 se practican cirugías de cambio de sexo gratuitas, también están permitidas las uniones civiles entre personas del mismos sexo.