Como parte de las investigaciones que el gobierno de México hizo contra Raúl Flores Hernández, en 2009 le decomisó seis mansiones en la Ciudad de México, Jalisco y Morelos, 10 automóviles y más de 6 millones de dólares.
De acuerdo con lo inscrito en los expedientes UEIORPIFAM/AP/075/2009 y UEIORPIFAM/AP/124/2009, en ese caso también se implicó a otras personas, entre ellas un expresidente municipal de Autlán, Jalisco.
Flores Hernández fue detenido el 20 de octubre de 2013 e ingresado al Centro Federal de Readaptación Social número 4 Noroeste, en Tepic, Nayarit, por los delitos de encubrimiento, lavado de dinero y delitos contra la seguridad pública.
Su caso se siguió en el Juzgado Segundo de Distrito de Proceso Penales Federal en Nayarit, mismo juez que ordenó el aseguramiento de propiedades ligadas a este sujeto, entre ellas la casa ubicada en Tchaikovsky número 474, colonia Arcos de Guadalupe, en Zapopan, Jalisco, la misma que aparece en su pasaporte como domicilio particular.
Según los registros de los expedientes, las otras propiedades aseguradas fueron las ubicadas en calle Retorno 3 del Tepozteco, número 20, fraccionamiento Colinas del Bosque, delegación Tlalpan; y calle Explanada número 917, colonia Lomas de Chapultepec, delegación Miguel Hidalgo, ambas en la Ciudad de México.
En estas últimas propiedades las autoridades localizaron 6 millones 448 mil 355 dólares americanos y 18 mil 800 euros, todo en efectivo, recursos que quedaron también a disposición de la PGR.
Otras tres propiedades están en Jalisco, entre ellas las de Tchaikovski en Zapopan, Jalisco; otra en avenida Sebastian Bach número 5115, colonia Residencial la Estancia, municipio de Zapopan, Jalisco; y la última en avenida Chapalita, número 50, colonia Jardines Plaza del Sol, en el municipio de Guadalajara, Jalisco.
Una propiedad más de las incautadas a Flores Hernández está en la calle Llamarada número 193, del Fraccionamiento residencial Sumiya, en el municipio de Jiutepec, Morelos.
Flores Hernández, a quien las autoridades estadounidenses ligan con los cárteles de Jalisco Nueva Generación y de Sinaloa, estuvo preso entre 2013 y 2015, año en el que alcanzó su libertad el 16 de abril al ser absuelto.
Ahora, una vez que se le identificó en Estados Unidos como lavador de dinero, las autoridades mexicanas reiniciaron una investigación en su contra, que está a cargo tanto de la Procuraduría General de la República como de la Unidad de Inteligencia Financiera de la Secretaría de Hacienda.
En ella se indaga también si el futbolista Rafael Márquez y el cantante grupero Julión Álvarez están implicados en las actividades ilícitas.